L'olfaction est le sens de référence du poney.
Contrairement à l'homme chez qui ce sens est peu développé, le poney peut percevoir l'odeur familière de l'écurie à des kilomètres de distance. Il mémorise de véritables cartes d'odeurs qui lui permettent de retrouver son chemin.
De même, lorsqu'il découvre un nouvel objet ou que quelque chose l'intrigue, il essayera toujours de vérifier ce qu'il a vu en allant le sentir.
L'odorat permet au poulain et à sa mère de se retrouver au sein du troupeau sans se tromper. Il permet au poney de sélectionner, choisir ou refuser sa nourriture ; et a également un rôle important dans l'instinct de fuite, par la détection d'odeurs qui le mettront en alerte (prédateur, fumée...).
Les poneys entrent en communication naseaux contre naseaux... et décident ensuite s'ils s'apprecient ou non.
Les poneys possèdent également un organe particulier, appelé organe de Jacobson, spécialisé dans la détection de phéromones. Les phéromones sont des substances chimiques sécrétées par un animal, et elles ne sont détectées que par les animaux de la même espèce. La peau, l'haleine, l'urine, les crottins, contiennent des phéromones dont les odeurs donnent une série d'informations aux autres poneys. Elles renseignent un poney sur les émotions de ses congénères, comme la peur par exemple, et permettent à l'étalon de savoir si une jument est en chaleur.
Pour détecter ces éventuelles phéromones ou analyser une odeur inhabituelle, le poney retrousse sa lèvre supérieure, pour emprisonner l'odeur, en faisant une mimique caractéristique nommée "flehmen".
